Με την εκτομή λεπτού εντέρου αφαιρείται τμήμα του για θεραπεία καρκινικωματωδών, προκαρκινωματωδών ή καλοηθών όγκων ή πολυπόδων, εντερικές αποφράξεις, αιμορραγία, φλεμονή, νόσο του Crohn, ή άλλους τραυματισμούς. Υπό γενική αναισθησία ο χειρουργός αφαιρεί το τμήμα του εντέρου που νοσεί και ενώνει τα δύο εναπομείναντα άκρα.
Σε μερικούς ασθενείς, ενώ το έντερο αναρρώνει, μπορεί να χρειαστεί επέμβαση δημιουργίας στομίας. Δημιουργείται μια τρύπα στο κοιλιακό τοίχωμα και το υγειές άκρο του εντέρου κοντά στο στομάχι περνάει μέσω αυτής. Ένας σάκκος τοποθετείται γύρω από την τρύπα και συλλέγει το περιεχόμενο. Οι στομίες είναι συνήθως προσωρινές και μπορούν να συγκλεισθούν σε δεύτερη επέμβαση, όπου και το λεπτό έντερο ξαναποκτά τη συνέχειά του.
—
Οι επεμβάσεις του ανώτερου πεπτικού περιλαμβάνουν παθήσεις του οισοφάγου και του στομάχου.
Παθήσεις όπως η διαφραγματοκήλη, η γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση και η αχαλασία οισοφάγου αντιμετωπίζονται πλέον λαπαροσκοπικά , εκτός των περιπτώσεων που κάτι τέτοιο αντενδείκνυται από την κατάσταση του ασθενούς.
Κακοήθειες του οισοφάγου, αναλόγως της εντόπισης, αντιμετωπίζονται με οισοφαγεκτομή αναλόγου εκτάσεως. Κακοήθειες του στομάχου αντιμετωπίζονται αναλόγως της εντόπισης τους με υφολική ή ολική γαστρεκτομή.